شقاقي بلافاصله پس از بازگشت به فلسطين در نوامبر 1981 به تأسيس هستههاي سازمان جهاد اسلامي در سرتاسر اراضي اشغالي و به خصوص در غزه و كرانه باختري پرداخت و همزمان براي آموزش و تربيت كادرهاي جديدي براي جنبش و ساختن نيروي نظامي و عقيدتي آن اقدام نمود تا اين كه سرانجام فعاليتهاي سياسي وي توجه نيروهاي اشغالگر صهيونيستي را جلب نمود.